Iako niska temperatura usporava propadanje rajčica, istodobno može negativno utjecati na njihov okus, miris i teksturu. Čuvanje zrelih rajčica na temperaturi hladnjaka smanjuje stvaranje hlapljivih spojeva odgovornih za prepoznatljivu aromu, zbog čega rajčica nakon nekoliko dana može imati slabiji miris i djelovati manje ukusno. Dugotrajnije izlaganje hladnoći može pridonijeti i mekšoj ili brašnastoj teksturi. Cijele i neoštećene rajčice najbolje je čuvati na sobnoj temperaturi, dalje od izravnog sunca i izvora topline, posebno nezrele rajčice jer hladnoća usporava njihovo dozrijevanje. Ako je rajčica potpuno zrela i vrlo mekana, kratko čuvanje u hladnjaku može usporiti kvarenje, no prije jela dobro ju je izvaditi i ostaviti neko vrijeme na sobnoj temperaturi kako bi se aroma ponovno bolje osjetila. Za prerezane rajčice vrijede druga pravila — trebaju biti pokrivene ili u zatvorenoj posudi u hladnjaku, a najbolje je potrošiti ih u roku od nekoliko dana.