U nedavnom članku u Nature Methods objavljenom 2026. godine, Sebastian Böcker i suradnici predstavili su pristup „2-step“ koji razdvaja predviđanje vremena zadržavanja na dva koraka. Prvi korak koristi graf-neuralnu mrežu za izračunavanje indeksa redoslijeda zadržavanja na temelju strukture spoja i uvjeta kolone i mobilne faze.

Drugi korak, uz pomoć male skupine referentnih spojeva, pretvara taj indeks u stvarna vremena zadržavanja na korisnikovom sustavu. Metoda ne zahtijeva ponovno treniranje modela i prema autorima nadmašuje pristupe koji su trenirani na ciljanom sustavu.