Gastroenterolozi su izdvojili dvanaest navika koje mogu poboljšati zdravlje crijeva, a ključan je čimbenik kvalitetna prehrana. Prema Willu Bulsiewiczu, mikrobiom reagira na prehranu i način života te proizvodi spojeve koji utječu na cijelo tijelo. Ističe i da su vlakna glavni izvor hrane za crijevne mikrobe te da pridonose probavi, zdravlju srca i nadzoru nad razinom šećera u krvi. Karl Kwok savjetuje unositi dvije porcije voća i tri porcije povrća dnevno kako bi se potaknula ravnoteža crijevnih bakterija. Istraživanje iz 2023. pokazalo je da stogodišnjaci u Kini imaju mikrobiom sličniji mlađim osobama, što upućuje na važnost brige o crijevima za dugovječnost.