Smeđa jaja često se smatraju kvalitetnijima i zdravijima od bijelih, no boja ljuske ne govori gotovo ništa o njihovoj nutritivnoj vrijednosti. Boja jaja ovisi o pasmini kokoši, genetici, dobu životinje, okolišu, stresu i zdravstvenom stanju. Prehrana kokoši je mnogo važnija, jer ako hrana sadrži više vitamina ili omega-3 masnih kiselina, to se može odraziti na sastav jaja. Na nutritivnu vrijednost utječe i veličina samog jajeta, kao i način uzgoja kokoši. Viša cijena smeđih jaja ne znači nužno da su kvalitetnija, jer smeđa jaja često nesu veće kokoši koje trebaju više hrane. Prilikom kupnje je važnije obratiti pozornost na svježinu, rok trajanja, neoštećenu i čistu ljusku te informacije na ambalaži. Oznake o načinu uzgoja kokoši ili eventualnom obogaćivanju jaja vitaminima i omega-3 masnim kiselinama mogu reći mnogo više o proizvodu nego sama boja ljuske.