Flavonoidi su obećavajući kandidati za oralne terapije upalnih bolesti crijeva (IBD) zbog svog utjecaja na crijevnu mikrobiotu, integritet barijere i lokalne imunosne odgovore. Njihova klinička primjena trenutačno je ograničena niskom topljivošću, molekularnom nestabilnošću i slabom oralnom bioraspoloživošću. Nanoenkapsulacija se pojavljuje kao rješenje za ove probleme, omogućujući flavonoidima da dosegnu terapijske razine na ciljanim mjestima u crijevima. Predstavljen je okvir usmjeren na dizajn koji povezuje odluke o formulaciji s biološkim učincima, utjecajem na mikrobiotu i regulatornim čimbenicima. Ovaj pristup integrira četiri međusobno ovisna stupa dizajna: molekularnu stabilnost, aktivaciju specifičnu za mjesto, kompatibilnost s domaćinom i mikrobiotom te kliničku primjenjivost. Cilj je napredovati u razvoju nanoformulacija flavonoida prema kliničkoj praksi, uzimajući u obzir odabir biomaterijala i gastrointestinalne barijere. Predložen je i plan razvoja nanoenkapsuliranih flavonoida, s eksperimentalnim tehnikama i elementima temeljenim na dokazima za personalizirano liječenje IBD-a.