Jonathan je rođen izvanbračno, kao rezultat kratke veze Toma Jonesa s manekenkom Katherine Berkery tijekom turneje po Sjedinjenim Američkim Državama 1987. godine. Sud je 1989. godine presudio da je Jones otac dječaka, ali on je godinama negirao tu odluku. Jonathan živi kao beskućnik u New Jerseyu i izjavio je da ne traži novac od oca, već ga samo želi upoznati. Imao je brojne ljubavne veze tijekom svoje karijere, ali odbija imati kontakt sa sinom Jonathanom. Jonathan se teško nosio s činjenicom da njegov otac nije želio imati nikakav odnos s njim, što je dovelo do problema s drogom i nemogućnosti da zadrži stabilan posao.