Philip Ball u svojoj biografiji "The Man Who Broke Reality" opisuje Nielsa Bohra kao velikog humanista koji je pokušao pomoći mnogim Židovima kolegama koji su pobjegli od nacizma, osobito nakon uvođenja rasnih zakona. Godine 1998. u Londonu je izvedena drama Michaela Frayna "Copenhagen", koja prikazuje razgovor Bohra i Nijemca Wernera Heisenberga u jesen 1941. godine, tijekom okupacije Danske.
Danska je, iako je imala ograničene resurse, odbila njemački pritisak na mjere protiv Židova, a Bohr je imao popis tih kolega i pokušavao ih prebaciti u inozemstvo. Nacisti su shvatili da se iz transuranijskih elemenata, poput plutonija, može proizvesti atomska bomba, a 1938. godine u Kopenhagenu je započeo rad ciklotrona koji je protone ubrzavao prema atomima.
Nakon rata Heisenberg je tvrdio da je radio unutar okvira nacističke represije kako bi zadržao nadzor nad nuklearnim projektom i spriječio da projekt dođe u ruke neprijatelja.
