AlphaFold je riješio problem koji je strukturnu biologiju mučio više od 50 godina — mogućnost predviđanja trodimenzionalnog oblika proteina samo na osnovi aminokiseline. Prije AlphaFolda2, eksperimentalne metode poput rendgenske kristalografije i krioelektronske mikroskopije bile su jedini način za određivanje strukture, što je trajalo mjesecima ili godinama. AlphaFold2 je pobijedio na 14. izdanju CASP-a, međunarodnog slijepog testa za predviđanje strukture proteina, s rezultatima koji su nadmašili sve ostale metode. Istraživači sada mogu u minutama dobiti pouzdani model strukture umjesto da čekaju mjesecima od specijaliziranih laboratorija. Noviji sustavi poput AlphaFolda3, ESMFolda i RoseTTAFolda proširili su mogućnosti na komplekse, nukleinske kiseline i male molekule. Eksperimentalna strukturna biologija nije izgubila vrijednost, ali se sada fokusira na proteine i konformacijska stanja gdje računalni modeli nisu dovoljni.