Istraživači su razvili novi pristup dizajnu RNK sekvenci, AlignIF, koji koristi višestruka strukturalna poravnanja i modeliranje među grafikonima. AlignIF omogućava dizajn cijelih RNK familija, a ne samo ponavljanje postojećih sekvenci. Testovi su pokazali da AlignIF može dizajnirati funkcionalne RNK fluorescentne aptamere i samorežim ribozime koji pokazuju mjerljivu aktivnost. Za Mango-I, dva od deset dizajniranih aptamera su pokazala povećanu fluorescenciju, a dva druga aptamera su imali poboljšani vezivni afinitet u odnosu na divlji tip. Svi dizajnirani aptameri za iMango-III su bili fluorescentni, uključujući jedan s identitetom sekvence od oko 30 % u odnosu na divlji tip. Rezultati ističu potencijal AlignIF-a za inženjerstvo funkcionalne RNK.