Philip Ball u svojoj biografiji "The Man Who Broke Reality" opisuje Niels Bohr kao velikog humanitara koji je pokušao pomoći mnogim židovskim kolegama koji su pobjegli od nacizma, osobito nakon uvođenja rasnih zakona. 1998. godine u Londonu se na scenu izveo Michael Fraynov play "Copenhagen", koji prikazuje razgovor između Bohra i njemačkog Werner Heisenberga u jesen 1941. godine, tijekom okupacije Danske.
Danska je, iako je imala ograničene resurse, odbila njemački pritisak da se protiviti židovima, a Bohr je imao popis tih kolega i pokušavao ih prebaciti u inozemstvo. Nacisti su shvatili da se iz transuranih elemenata, poput plutonija, može proizvesti atomska zbrajanja, a 1938. godine u Kopenhagenu je započeo rad ciklotrona koji je udaravao protone u atome.
Nakon rata Heisenberg je tvrdio da je radio unutar okvira nacističke represije kako bi zadržao kontrolu nad nuklearnim projektom i spriječio da mu stane u ruke neprijatelja.
