Luka Pakoštane planira izgraditi 368 novih vezova, od čega će 170 biti namijenjeno komunalnoj upotrebi u luci otvorenoj za javni promet, a 198 komercijalnim aktivnostima u novoj luci nautičkog turizma. To predstavlja povećanje od oko 120 vezova u odnosu na postojeći kapacitet od manje od 250 vezova za manje brodice u plitkom i nedovoljno zaštićenom akvatoriju. Najveću promjenu čini izgradnja novog južnog glavnog lukobrana dugog oko 530 metara, čiji će središnji dio biti oblikovan u polukrug i opremljen kao kupalište. Novi lukobran bit će povezan s postojećom obalom pristupnim gatom dugim oko 160 metara, čime će se luka podijeliti na istočni i zapadni bazen. Zapadni lukobran će se nakon izgradnje novog južnog lukobrana preoblikovati iz L-oblika u ravni lukobran dug 110 metara, dok će se istočni lukobran samo sanirati i zadržati postojeće dimenzije. Planirano je i produbljivanje morskog dna – u istočnom bazenu na površini od oko 13.430 četvornih metara na tri metra ispod razine mora, a u zapadnom bazenu na oko 31.260 četvornih metara, što ukupno zahtijeva iskopavanje oko 33.520 kubičnih metara materijala. Uz građevinske radove predviđeni su priključci luke na vodovod, kanalizaciju, elektroenergetsku i telekomunikacijsku infrastrukturu.