Kennedy Jr. predložio je da Nacionalni instituti za zdravlje preusmjere pet milijardi dolara kako bi istražili dugo odbijenu teoriju da cjepiva uzrokuju autizam, prema riječima dužnosnika upoznatih s prijedlogom. Taj bi iznos predstavljao više od desetine godišnjeg proračuna agencije. Prijedlog je na kraju odbijen nakon što je direktor NIH-a Jay Bhattacharya uvjerio Kennedyja da agencija već ulaganja u istraživanje autizma, uključujući inicijativu od 50 milijuna dolara pokrenute prošlog rujna. Kennedy je i dalje fokusiran na sigurnost cjepiva unatoč desetljećima znanstvenih istraživanja koja nisu pronašla nikakvu povezanost između cjepiva i autizma. Prema osam trenutnih i bivših dužnosnika, Kennedy je nastavio tražiti dokaze za svoju dugoročnu uvjerenja da su mnoga cjepiva nedovoljno testirana i mogu uzrokovati ozbiljne nuspojave.