Sveučilište u Zagrebu dobilo je status i povlastice 23. rujna 1669. diplomom rimskog cara i ugarsko-hrvatskog kralja Leopolda I. Isusovci su vodili Isusovačku akademiju sve dok papa Klement XIV. 1773. nije ukinuo njihov red. Godine 1776. carica Marija Terezija osnovala je Kraljevsku akademiju znanosti s tri studija – filozofskim, bogoslovnim i pravnim. Hrvatski sabor 1874. odlučio je o osnivanju modernog sveučilišta, a 19. listopada iste godine svečano ga je otvorio ban Ivan Mažuranić s početnim četiri fakulteta: Pravni, Bogoslovni, Filozofski i Medicinski. Nakon Prvog svjetskog rata osnovani su Gospodarsko-šumarski fakultet 1919., Veterinarski fakultet 1924. i kasnije Ekonomski fakultet. Nakon Drugog svjetskog rata 1946. uspostavljen je Prirodoslovno-matematički fakultet, a danas Sveučilište u Zagrebu broji 34 sastavnice i okuplja gotovo polovicu studenata u Hrvatskoj.