Nucleus je minimalistički kontejnerski runtime za Linux, koji pruža izolirana okruženja za izvršavanje koristeći Linux kernel primitive bez tereta tradicionalnih kontejnerskih runtime-ova. Dizajniran je oko potpuno deklarativnog modela, gdje Nix gradi root filesystem, NixOS modul deklarira servis, a Nucleus montira zakovan, reproducibilan closure u radnom vremenu. Nucleus podržava tri načina rada i nije zamjena za Docker, već alat koji nude drugačiji skup funkcija. Nucleus koristi Linux kernel isolation primitive i podržava kontejnerski filesystem koji se može popuniti kontekstnim datotekama ili montirati iz prethodno sagrađenog Nix rootfs closure-a. Nucleus se može instalirati pomoću Cargo paketa ili Nix flake-a.