Mopsi nisu hipoalergeni psi, jer proizvode alergene u slini, urinu i peruti, te se izrazito puno linjaju. Ipak, osobe s blažim alergijama mogu dijeliti dom s ovim psima uz odgovarajuće mjere i prilagodbe. Alergije na kućne ljubimce nastaju kao pretjerana reakcija imunološkog sustava na bezopasne proteine koji se nalaze u životinjskoj slini, urinu i stanicama kože. Simptomi alergija mogu uključivati kihanje, curenje ili začepljenost nosa, crvenilo, svrbež ili suzenje očiju te kašalj i otežano disanje. Osjetljivost na alergene varira od osobe do osobe, pa je preporučljivo provesti neko vrijeme sa psom kojeg namjeravate udomiti kako biste provjerili hoće li izazvati simptome. Četkanje i kupanje mopsa su ključni za smanjenje količine peruti i dlaka u prostoru, a preporučuje se razgovor s liječnikom o terapiji lijekovima ili injekcijama protiv alergija.