Android Auto ponekad prikazuje nestanak aplikacija iz pokretača bez upozorenja, što je najčešći problem korisnika. U većini slučajeva aplikacija nije trajno uklonjena, već je deaktivirana postavkama za optimizaciju baterije na telefonu. Na Samsung uređajima Android automatski onemogućuje neupotrebljavane aplikacije kako bi uštedio energiju, što ih također uklanja iz pokretača Android Autoa. Da biste aplikaciju vratili, potrebno ju je pronaći na telefonu, po potrebi ažurirati i pokrenuti, a zatim ponovno spojiti s Android Autoom. Nakon što se aplikacija otvori, Android je prepoznaje kao aktivnu i ponovno se pojavljuje u pokretaču na zaslonu vozila.