Indonezija je početkom prosinca 1975. poslala snage na otok i započela okupaciju Istočnog Timora, koja je završila 17. srpnja 1976. godine. Tijekom indonezijske uprave, koja je trajala do 2002. godine, procjenjuje se da je u razdoblju okupacije umrlo više od 100.000 ljudi, uglavnom od gladi i bolesti.