Hrvatska je, zahvaljujući geografskom položaju i raznolikosti staništa, jedna od zemalja s najvećom bioraznolikošću u Europi, s gotovo 40.000 poznatih vrsta i podvrsta. Oko tri posto poznatih vrsta su endemi, a područje dinarskog krša ističe se bogatstvom i endemizmom. Ministarstvo zaštite okoliša upozorilo je da velika bioraznolikost ne znači da su sve vrste u povoljnom stanju, a glavni pritisci su gubitak staništa, degradacija, onečišćenje, invazivne vrste i klimatske promjene. Crveni popis Republike Hrvatske, vođen od Zavoda za zaštitu okoliša i prirode, koristi međunarodne kriterije IUCN za procjenu rizika od izumiranja i određivanje prioriteta zaštite. U Hrvatskoj je 287 vrsta ptica, 96 vrsta riba, 60 vrsta sisavaca, 33 vrste gmazova, 13 vrsta vodozemaca, 254 vrste kukaca, 40 vrsta paučnjaka, 102 vrste rakova i 160 vrsta puževa strogo zaštićeno, a Natura 2000 predstavlja ključni alat za očuvanje prirode.