Brojni EU-financirani zdravstveni projekti zaustavljeni su zbog spora između Europske komisije i država članica o podršci nevladinim organizacijama. Najmanje sedam zemalja, na čelu s Francuskom, Španjolskom i Belgijom, dvaput su blokirale prijedlog Europske komisije za zdravstveni proračun EU-a za 2026. godinu zbog navoda da ne sadrži dovoljno sredstava za zdravstvene nevladine organizacije. Ove organizacije zastupaju pacijente, liječnike i radnike u javnom zdravstvu u raspravama o zdravstvenoj politici EU-a. Sukob uzrokuje da javni natječaji i prijave za grantove za EU-ove zdravstvene projekte još nisu mogli krenuti. Odlaganje ima velike posljedice za odgovor EU-a na zdravstvene krize. Europska komisija odbila je komentirati moguće poremećaje u zdravstvenom programu EU-a, ali je najavila da će „razmotriti“ daljnji tok događaja. Sukob potječe od odluke Komisije da ukine operativne grantove za nevladine organizacije, što je potvrđeno u srpnju 2025. godine.